2011年，南科大通过“自主招生，自授学位”的方式招收了45名学生。

　　2012年，采用基于高考的综合评价录取模式，建立学生高考成绩、高中学业成绩和高校自行测试成绩三位一体的综合评价体系。

　　2013年该校招生，仍采用2012年的模式，这个模式也得到了教育部的认可。“看上去似乎是高考成绩绝对‘控股’，其实不是，高考750分，要转化为百分制，然后乘以60%，而自主招生成绩100分是直接乘以30%，这意味着自主招生的1分就相当于高考成绩的3.75分。”

　　朱清时说，去年的模式，是目前更容易操作的方式，在中国也更容易推广，更切实可行。借用高考考查学生的知识掌握情况，用自主招生考试来考查学生的创新能力。

　　南科大的自主招生考试，和“北约”“华约”“卓越”的联盟考试完全不同，“是类似智商测试，根本不需要高中的知识。”

　　朱清时说，从去年的自主招生考试来看，重点中学的学生发挥得不一定好，有不少非重高的、农村的学生，都有在自主招生的考试里拿了满分。“非重高的、农村的小孩素质不差，他的想象力，记忆力，洞察力，都很不错，这样，在自主招生考生中，他们就不会被埋没。”

　　朱清时说，两届学生的质量都很高，第一届招收的教改实验班的学生，2012年参加由麻省理工学院主办的国际生物基因工程大赛（iGEM），获得了亚洲赛区一金一银的成绩，和国际知名高校比起来，也完全不差。

　　南科大去年的参考高考成绩的招生方式，曾被人说是改革倒退。朱清时说，就好像爬山，不能老是攀悬崖，而要走切实可行的、迂回的道路。“教改也一样，要走现实可行的路，减少前进的阻力风险。”