研究生收费制度改革，不仅激发了学生的积极性，还激发了导师培养学生的责任感。鲍威副教授2009年的调研显示，在试点高校中，奖助力度对学生学科成绩的提升具有显著的正向影响，这说明奖助金体系对提升学生学业表现具有显著成效；研究生获得资助的力度对导师重视科研能力培养具有显著的促进作用，这反映了奖助体系中对导师课题经费出资责任的强化，有效地促进了导师对提高研究生科研能力的重视，激励了导师的科研指导责任。

　　华东师范大学韩映雄副教授2010年对参加研究生培养机制改革院校和未参加院校进行了对照研究，调查发现，培养机制改革对学生课堂参与意识、课外学习时间有显著影响，参加改革院校比未参加改革的院校研究生课堂参与意识强烈，学生课外学习时间也显著增加，对学业成绩更为重视。

　　不过，两位学者的实证研究也显示，研究生收费制度的改革，并没有对学生科研和学术能力的提升产生显著影响。韩映雄发现，参加改革院校与未参加改革院校在学生论文发表数量上没有显著差异。鲍威也发现，收费制度的改革，对学生创新能力的提升没有显著影响。

　　这一点，在作为硕士、博士研究生导师的别敦荣那里也得到了印证。他感觉，改革前后，研究生的学业表现和科研创新能力，并没有实质性的提升。

　　“研究生教育收费制度改革，跟研究生培养机制改革，提高研究生培养质量有一定的关系，但并不是直接的正相关的逻辑关系。”别敦荣指出，并不能说从公费改成收费，研究生学习表现就一定能得到改善，科研创新能力就一定能得到提高。研究生教育收费制度改革只是研究生培养机制综合改革的一环，要提高研究生培养质量，还需要出台一系列与之相适应的培养政策。配套政策的缺失会影响改革的推进。

　　北京大学教育财政科学研究所所长王蓉在2012年发布的《关于改革我国研究生教育投入体制机制的政策建议报告》中也明确提出，研究生培养机制改革的根本点是科教结合，将研究生的培养与科学研究相结合，与导师的科研课题相结合。在研究生教育质量较高的美国和英国，给予学术型研究生的政府拨款主要整合在其科研拨款体系中。

　　王蓉指出，目前推行的“全收费、全拨款、‘高而广’资助”的模式，尽管能够解决学校办学经费不足的问题，但并未对当前我国研究生教育的核心质量问题——科教结合不足的问题提出具体解决办法。当前，研究生教育在筛选、发掘、培养人才方面都遇到很多挑战，投入机制体制的改革，必须针对这些挑战提出整体性的应对方案。